‘origine dell’edificio si colloca ufficialmente il 29 gennaio 1240, quando Federico II Hohenstaufen ordinò a Riccardo da Montefuscolo, Giustiziere di Capitanata, che venissero predisposti i materiali e tutto il necessario per la costruzione di un castello presso la chiesa di Sancta Maria de Monte (oggi scomparsa). Questa data, tuttavia, non è accettata da tutti gli studiosi: secondo alcuni, infatti, la costruzione del castello in quella data era già giunta alle coperture.

Incerta è anche l’attribuzione a un preciso architetto: alcuni riconducono l’opera a Riccardo da Lentini ma molti sostengono che a ideare la costruzione fu lo stesso Federico II. Pare che fu costruito sulle rovine di una precedente fortezza prima longobarda e poi normanna.Probabilmente alla morte di Federico II (avvenuta nel 1250) l’edificio non era ancora terminato.

Fu raramente adibito a feste; fra queste nel 1246 si ricordano le nozze di Violante, figlia naturale di Federico e Bianca Lancia con il conte di Caserta Riccardo Sanseverino.

A partire dal XVII secolo seguì un lungo periodo d’abbandono, durante il quale il castello venne spogliato degli arredi e delle decorazioni parietali di marmo (le cui tracce restano visibili solo dietro i capitelli) e divenne oltre che carcere anche un ricovero per pastori,briganti e profughi politici. Nel 1876 il castello, in condizioni di conservazione estremamente precarie, venne infine acquistato (per la somma di 25.000£) dallo Stato italiano, che ne predispose il restauro a partire dal 1879. Nel 1928 il restauro diretto dall’architetto Quagliati rimosse il materiale di risulta all’esterno del castello e demolì parte delle strutture pericolanti, ricostruendole in seguito per dare al castello un aspetto “ringiovanito”; questo non ne arrestò il degrado e si dovette procedere a un ulteriore restauro tra il 1975 e il 1981. Nel 1936 Castel del Monte fu dichiarato monumento nazionale.

Nel 1996 l’UNESCO lo ha inserito nella lista dei Patrimoni dell’umanità per il rigore matematico ed astronomico delle sue forme e per l’armoniosa unione degli elementi culturali del nord Europa, del mondo islamico e dell’antichità classica, tipico esempio diarchitettura del medioevo.